Han pasado tres años desde el gran desastre que intercambió las posiciones de Boruto y Kawaki.
 
Los diez colas controlados por Code han evolucionado a árboles divinos con ego propio, ¡y ahora suponen una nueva amenaza para mundo! Para colmo, Sasuke también está atrapado dentro de un árbol... Boruto ha regresado de nuevo a la Villa, ¡pero allí le espera Mitsuki, listo para atacar!