Han pasado tres años desde el gran desastre que intercambió las posiciones de Boruto y Kawaki. Los Diez Colas controlados por Code han evolucionado en árboles divinos con ego propio, representando una nueva amenaza para el mundo. Sasuke ha quedado atrapado dentro de uno de estos árboles. Boruto ha regresado a la aldea, pero allí le espera Mitsuki, listo para atacarlo.