La historia se sitúa exactamente después del epílogo de la serie anterior, con los personajes a punto de iniciar la secundaria baja, tras un período de tranquilidad una vez que Sakura logró recapturar a todas las cartas.
 
Ahora es momento de que la protagonista pueda relajarse y disfrutar de un nuevo ciclo escolar, con sus amigas de siempre y el regreso de Syaoran… Hasta que surgen complicaciones: las cartas de Sakura pierden su poder, y una vez más tiene que reiniciar su captura. Así nacen las “clear cards”, unas misteriosas cartas transparentes.
 
Pero eso no es todo… Ahora guiada por la “Llave de los Sueños” y a su vez desorientada por las premoniciones que le surgen al soñar (a veces dormida, a veces despierta), Sakura se embarca en una nueva aventura, que por supuesto incluye nuevos personajes, diseños impresionantes y las impredecibles vueltas de tuerca a las que nos tienen malacostumbrados las autoras de este manga.