La historia comienza en 2011 y sigue a Josuke Higashikata, un joven afectado por amnesia retrógrada, en su búsqueda para descubrir su verdadera identidad en Morioh, un pueblo costero japonés afectado por el terremoto de Tohoku.
 
JoJolion representa la segunda parte de la serie ambientada en el universo alterno de "Steel Ball Run".