Takina Inoue, una estudiante de secundaria que trabaja como miembro de un grupo de trabajo exclusivamente femenino de asesinos y espías conocido como "Lycoris" enviado para eliminar criminales y terroristas en Tokio, es sancionada por sus superiores en la agencia DA por desobedecer órdenes para salvar a un colega. La transfieren para trabajar con el agente de élite de Lycoris, Chisato Nishikigi, en una de las sucursales de la agencia, que opera bajo la fachada de un café, llamado "LycoReco".