En el mundo existen unos seres que no son ni animales ni plantas llamados mushi, los organismos más cercanos a la vida en su forma primigenia. No todos los seres humanos pueden verlos y solo conocen su existencia cuando se encuentran con los misteriosos fenómenos que producen.
 
Ginko es un mushishi, un estudioso de los mushi, que viaja mientras ayuda con sus habilidades y conocimientos a las personas que sufren los efectos de los mushi.