¡Shishio inicia su plan para apoderarse de Japón! En Kioto, Misao comienza a actuar como la nueva capitana del Oniwaban-shu, trabajando para impedir que los hombres de Shishio incendien la ciudad.
 
Mientras tanto, Kenshin, Sanosuke y Saito se apresuran para detener a Shishio, pero este tiene preparada una sorpresa... Se acerca el enfrentamiento real contra el enemigo, donde Sanosuke tendrá que enfrentarse a Anji, el monje que le enseñó su técnica secreta.